Depende de la arquitectura de la computadora. Hoy en día muchos chips la división ya viene integrada y tienen un operador para realizarla a bajo nivel. Sin embargo, el algoritmo mas sencillo es históricamente encuentra el resto dado dos enteros positivos usando solo restas y comparaciones:

Para divisiones mas complejas se podría utilizar el método Euclidiano de división.

Sin embargo, yo no soy arquitecto de procesadores por lo tanto no estoy completamente seguro cuál sea el algoritmo utilizado para realizar una división al mas bajo nivel.