How to make a dynamic form?

One suggestion would be to use the names of inputs as Array and treat in PHP, eg

$(document).ready(function() {
      $("#novoProd").click(function() {
      var novoItem = $("#item").clone().removeAttr('id'); // para não ter id duplicado
      novoItem.children('input').val(''); //limpa o campo quantidade
      $("#formulario").append(novoItem);
    });
  });

input[type="number"] {
  width: 50px;
}
label {
  font-weight: bold;
  margin-left: 10px;
}
div.item {
  border: 1px solid black;
  padding: 10px;
  margin: 5px;
}

<script src="https://ajax.googleapis.com/ajax/libs/jquery/1.11.1/jquery.min.js"></script><formaction="cadastro.php" method="post" id="formulario">
  <input type="button" id="novoProd" value="Novo produto" />
  <input type="submit" value="enviar" />
  <div id="item" class="item">
    <label>Selecione o produto:</label>
    <select name="produtoId[]">
      <option value="1">Produto 1</option>
      <option value="5">Produto 2</option>
      <option value="9">Produto 3</option>
    </select>
    <label>Quantidade:</label>
    <input type="number" name="quant[]" />
  </div>
</form>

PHP

In PHP you make foreach in POST[produtoId] to make insert in base

foreach ($_POST['produtoId'] as $key=> $value){
    echo $value; // Id do produto
    echo $_POST['quant'][$key]; // Quantidade
}

This would prevent manipulations in% of% of id's , reducing your jQuery code and somehow simplifying input's with PHP.

Boy, make this more dynamic you would have to write more codes. But the elements could be removed from your html. But when I'm going to do something like I need dynamic id. Here's how:

$(document).ready(function(){
    $("#novoProd").click(function(){
        var novoItem = $("#item").clone();
        var novoId = Math.floor((Math.random() * 100) + 1);

        // modifica o id do item recem criado
        $(novoItem).attr("id","item"+ novoId);
        var novoSelect = $(novoItem).children()[1];
        $(novoSelect).attr("id","produtoId"+ novoId);
        $(novoSelect).attr("name","produtoId"+ novoId);

        var novoSelect = $(novoItem).children()[3];
        $(novoSelect).attr("id","quant"+ novoId);
        $(novoSelect).attr("name","quant"+ novoId);

        $("#formulario").append(novoItem);
    });
  });

Or instead of saving the counter on a hidden input element. You could create a date attribute. For example:

<form action="cadastro.php" method="post" id="formulario">
    <input type="button" id="novoProd" value="Novo produto" data-index="1"/>
    <input type="submit" value="enviar"/>
    <div id="item" class="item" >
        <label>Selecione o produto:</label>
            <select id="produtoId" name="produtoId">
                <option value="1">Produto 1</option>
                <option value="5">Produto 2</option>
                <option value="9">Produto 3</option>
            </select>
        <label>Quantidade: </label>
        <input type="number" id="quant" name="quant"/>
    </div>
    <input type="hidden" id="itemCont" value="1"/>
</form>

$(document).ready(function(){

    $("#novoProd").click(function(){
        var itemCont = $("#novoProd").attr("data-index");
        var novoItem = $("#item").clone();

        // modifica o id do item recem criado
        $(novoItem).attr("id","item"+itemCont);
        var novoSelect = $(novoItem).children()[1];
        $(novoSelect).attr("id","produtoId"+itemCont);
        $(novoSelect).attr("name","produtoId"+itemCont);

        var novoSelect = $(novoItem).children()[3];
        $(novoSelect).attr("id","quant"+itemCont);
        $(novoSelect).attr("name","quant"+itemCont);

        $("#formulario").append(novoItem);
        itemCont++;
        $("#novoProd").attr("data-index",itemCont);
    });
  });