Treating this correctly might give you a bit of work, but a basic solution for a simple example would be to remove the point if there is one, something like this:
preco_casa_raw = input("Qual o preço do imóvel?")
preco_casa = float(preco_casa_raw.replace('.', ''))
seu_salario = float(input("Qual o seu salário mensal?:"))
anos_a_pagar = float(input("Quantidade de anos a pagar pelo imóvel:"))
valor_prestacao = preco_casa / (anos_a_pagar * 12)
print (" O valor da prestação será de R$%.2f" % valor_prestacao)
See running on ideone . And no Coding Ground . Also I put GitHub for future reference .
It will have to do in all that enter numeric values.