I think you can use setBackground, here is an example:
Calendar cal = Calendar.getInstance();
cal.setTime(calendar.getDate());
int day = cal.get(Calendar.DAY_OF_MONTH);
int month = cal.get(Calendar.MONTH);
int year = cal.get(Calendar.YEAR);
JPanel jpanel = calendar.getDayChooser().getDayPanel();
Component component[] = jpanel.getComponents();
//arraylist dos eventos
for(int i = 0; i < events.size(); i++)
{
//mês e ano selecionado em JCalendar
if(month == events.get(i).getMonth() && year == events.get(i).getYear())
{
// Calcular o deslocamento do primeiro dia do mês
cal.set(Calendar.DAY_OF_MONTH,1);
int offset = cal.get(Calendar.DAY_OF_WEEK) - 1;
//Este valor será diferente de cada mês, devido aos primeiros dias de cada mês
component[ events.get(i).getDay() + offset ].setBackground(Color.blue);
}
}