How to group text file according to parameters of the first line in C #

As example in this answer , a dictionary is the solution for grouping items. In case you now have two levels of grouping, then the use of nested dictionaries is necessary. You have the dictionary with the names of the files as a key and the value is another dictionary with codes as key and the amounts as value.

The code is far from great but it is tested and does what you want.

The comments have been placed for didactic purposes and does not express the way I comment codes.

using System;
using System.IO;
using System.Collections.Generic;
using System.Linq;

public class MergeFiles {
    public static void Main(string[] args) {
        var itens = new Dictionary<string, Dictionary<string, int>>(); //Cria a estrutura que permite chaves únicas do tipo string e valores associados do tipo int
        int resultado;
        foreach (var arquivo in Directory.GetFiles(@"C:\teste", "*.txt")) { //Pega todos os arquivos com extensão txt disponíveis no diretório
            var chaveArquivo = "";
            foreach (var linha in File.ReadAllLines(arquivo)){ //Lê todas as linhas individualmente de cada arquivo
                if (linha.Substring(6, 1)  == ";") { //Verifica se esta é a primeira linha
                   chaveArquivo = linha.Substring(0, 6) + linha.Substring(7, 8); //Pega os 6 primeiros caracteres e os 8 sequintes pulando o ;
                    if (!itens.ContainsKey(chaveArquivo)) { //verifica se não existe a chave com nome do arquivo
                        itens.Add(chaveArquivo, new Dictionary<string, int>()); //Adiciona uma nova chave ainda inexistente no dicionário
                    }
                } else {
                    var chave = linha.Substring(0, 6); //Pega os 6 primeiros caracteres
                    var valor = (int.TryParse(linha.Substring(6, 3), out resultado) ? resultado : 0); //Pega os 3 caracteres seguintes e converte para numérico
                    if (itens[chaveArquivo].ContainsKey(chave)) { //verifica se já existe a chave no dicionário
                        itens[chaveArquivo][chave] = itens[chaveArquivo][chave] + valor; //adiciona o valor obtido na linha à chave já existe no dicionário
                    } else {
                        itens[chaveArquivo].Add(chave, valor); //Adiciona uma nova chave ainda inexistente no dicionário
                    }
                }
            }
        }
        //Cria os arquivos agrupados adicionando todas as linhas do dicionário recriando a mesma estrutura anterior através do LINQ
        foreach(var arquivo in itens) {
            File.WriteAllLines(arquivo.Key + ".txt", arquivo.Value.Select(item => item.Key + item.Value.ToString("000")).ToArray());
        }
    }
}

I placed it on GitHub for future reference.

Using the question code, it should look like this:

static void Main(string[] args)
{
    string diretorio = @"C:\teste";

    String[] listaDeArquivos = Directory.GetFiles(diretorio);

    if (listaDeArquivos.Length > 0)
    {

        FileStream arquivoDestino = File.Open(caminhoArquivoDestino, FileMode.OpenOrCreate);
        arquivoDestino.Close();

        String[] linhasDestino;

        Dictionary<String, List<String>> out = new Dictionary<String, List<String>>();

        foreach (String caminhoArquivo in listaDeArquivos)
        {
            linhasDestino = File.ReadAllLines(caminhoArquivo);
            String name = linhasDestino[0].replace(';','');
            if (!out.ContainsKey(name))
            {
                out[name] = new List<String>();
            }
            for(int i = 1; i < linhasDestino.Length; i++)
            {
                out[name].Add(linhasDestino[i]);
            }
        }

        foreach(String key in out.Keys)
        {
            string caminhoArquivoDestino = @"C:\teste\"+key;
            File.WriteAllLines(caminhoArquivoDestino, out[key].ToArray());
        }
    }
}

I have no compiler here, but this should work. What is done is as follows:

Basically, the idea of the algorithm is this.