Problem with BD (foreign key)

There are some silly little problems in your script. The cause of your problem is that the markers table is MyISAM . MyISAM does not support foreign keys, and I do not recommend using MyISAM for absolutely nothing. Use InnoDB instead.

However, there are a few other issues too:

• Breaking a line inside a string is a bad idea:

  (2, 'Ponto Borracharia do Macarrão', '21 R. São Paulo Centro, Carmo do 
  Cajuru', -20.189863, -44.767570, 'Ponto', 'Carmo do Cajuru'),
  

• There are problems with encoding / charset: Macarrão , São Paulo , Viória , Vitória , Usuário , nº

• To avoid having encoding / charset problems always use Divinópolis . Do not use utf8 .

So I recommend putting latin1 at the end of all your ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8; s.

Your corrected code looks like this:

CREATE DATABASE teste;
USE teste;

CREATE TABLE horario (
  id_horario int PRIMARY KEY NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  horario time NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

CREATE TABLE linha (
  id_linha int PRIMARY KEY NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  nome varchar(255) NOT NULL,
  codigo varchar(6) NOT NULL,    
  empresa varchar(50) NOT NULL,
  sentido boolean NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

CREATE TABLE 'markers' (
  'id' int PRIMARY KEY NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  'name' varchar(60) NOT NULL,
  'address' varchar(80) NOT NULL,
  'lat' float(10,6) NOT NULL,
  'lng' float(10,6) NOT NULL,
  'type' varchar(30) NOT NULL,
  'cidade' varchar(100) NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

INSERT INTO 'markers' ('id', 'name', 'address', 'lat', 'lng', 'type', 'cidade') VALUES
(1, 'Bushere', '1344 R. Jose Demetrio Coelho - Centro, Carmo do Cajuru', -20.189388, -44.767197, 'Ponto', 'Carmo do Cajuru'),
(2, 'Ponto Borracharia do Macarrão', '21 R. São Paulo Centro, Carmo do Cajuru', -20.189863, -44.767570, 'Ponto', 'Carmo do Cajuru'),
(5, 'Ponto do Bairro Viária', 'Carmo do Cajuru - MG, 35557-000, B', -20.195044, -44.749783, 'Ponto', 'Carmo do Cajuru');

CREATE TABLE localizacao (
  id_localizacao int PRIMARY KEY NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  id_onibus int NOT NULL,
  id_ponto int NOT NULL,
  horario time NOT NULL,
  status int NOT NULL,
  FOREIGN KEY(id_ponto) REFERENCES markers (id)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

CREATE TABLE 'usuario' (
  'id' int PRIMARY KEY NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  'nome' varchar(255) NOT NULL,
  'telefone' varchar(12) NOT NULL,
  'endereco' varchar(255) NOT NULL,
  'cidade' varchar(100) NOT NULL,
  'data_nasc' date NOT NULL,
  'user' varchar(50) NOT NULL,
  'senha' varchar(50) NOT NULL,
  'pontos' int(11) NOT NULL,
  'tipo' tinyint(1) NOT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

INSERT INTO 'usuario' ('id', 'nome', 'telefone', 'endereco', 'cidade', 'data_nasc', 'user', 'senha', 'pontos', 'tipo') VALUES
(1, 'Gabriel Rabelo Camargos', '37 998637969', 'Azaleias 106 - Vitória', 'Carmo do Cajuru', '2000-07-04', 'omitogabriel', '123', 0, 1),
(2, 'Usuário', '37 998637969', 'Rua 2 n 371', 'Carmo do Cajuru', '2000-07-04', 'user', '123', 10, 0),
(3, 'Administrador', '99999999', 'Rua 2 nº 371', 'Carmo do Cajuru', '2000-07-04', 'adm', '123', 0, 0),
(4, 'Eduardo Sousa', '(37) 98854-9', 'Rua Pedro Martins Machado, 411', 'Divinópolis', '2000-01-15', 'dudu', '123', 0, 0);

CREATE TABLE rota (
  id_rota int PRIMARY KEY NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  id_ponto int NOT NULL,
  id_linha int NOT NULL,
  dia_semana varchar(6),
  sentido varchar(255),
  FOREIGN KEY(id_ponto) REFERENCES markers (id),
  FOREIGN KEY(id_linha) REFERENCES linha (id_linha)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

CREATE TABLE onibus (
  id_onibus int PRIMARY KEY NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  id_horario int NOT NULL,
  id_linha int NOT NULL,
  numero varchar(6),
  FOREIGN KEY(id_horario) REFERENCES horario (id_horario),
  FOREIGN KEY(id_linha) REFERENCES linha (id_linha)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;

ALTER TABLE localizacao ADD FOREIGN KEY(id_onibus) REFERENCES onibus (id_onibus);

See here working in sqlfiddle.