The error is in the last two lines. Whereas code is the primary city key and acronym is primary sector key.
CREATE TABLE funcionario(
codigo int NOT NULL,
nome varchar(30) NOT NULL,
sexo char,
estcivil varchar(10),
rg int(11),
cpf int(11) NOT NULL,
datanasc date,
naturalidade varchar(15),
dataadm date,
endereco varchar(30),
complemento varchar(10),
bairro varchar(15),
cidade varchar(15),
cep int (11),
fone int (11),
celular int (11),
funcao varchar(15),
setor varchar(3),
salario decimal(10,2),
CONSTRAINT pk_funcionario PRIMARY key(codigo),
CONSTRAINT fk_cidade FOREIGN key(cidade) REFERENCES cidade(codigo)
);