Because Linus Torvalds likes penguins, that's all.

De la Wikipedia:

Tux es el nombre de la mascota oficial de Linux. Creado por Larry Ewing en 1996, es un pequeño pingüino de aspecto risueño y cómico. La idea de que la mascota de kernel Linux fuera un pingüino provino del mismo Linus Torvalds, creador de kernel Linux. Según se cuenta, cuando era niño le picó un pingüino ### además desde pequeño mostró una gran simpatía por estos animales. No tiene un significado en específico.Wikipedia (ES)