La respuesta oficial es que según los dueños fundadores, su sistema operativo se llama iOS lo que viene siendo i= Yo OS=operativo system/sistema operativo.

El i de iOS proviene de qué es un sistema operativo muy modificable en cuando a su diseño (yo modifico el sistema a mi gusto) y por lo tanto esto fue utilizado en sus celulares iPhone para marcar una diferencia con los que tiene android.

La diferencia de los iOS es que según esta web Como espiar un celular son más dificiles de espiar.

Porque en su gran mayoría de dispositivos Apple suele usar la “i” como prefijo en sus terminales